一、技术名称

细菌基因组测序

二、应用领域

1. 临床与流行病学：用于耐药基因追踪、传染病溯源及医院感染防控，例如通过高通量数据快速识别病原体并指导治。。

2. 功能基因组学：结合转录组测序解析基因表达调控、非编码RNA功能，并鉴定质粒类型及耐药/毒力基因分布。

3. 进化与生态研究：支持细菌系统进化分析、种群结构解析及宏基因组层面的微生物群落研究。

三、技术简介

细菌基因组学‌是研究细菌基因组的学科，包括对细菌基因组的测序、组装、结构预测、功能注释以及比较基因组学和泛基因组研究等方面的工作。细菌基因组测序技术始于第一代Sanger测序法（1977年），后逐步发展为高通量测序技术。结合短读长（如Illumina）与长读长（如PacBio）技术，通过末端配对和片段化策略优化基因组组装质量。

四、技术优势

自1998年开始，就开展细菌基因组研究工作，先后完成了700多株细菌、古菌的基因组测序，发表相关SCI论文百余篇；在此过程中，逐渐建立了一支强大的微生物基因组分析团队。由该团队开发的‘ContigScape’软件，被BMC Genomic杂志评为2013年“Highly Accessed”论文。

2014年，建成Pacbio三代测序平台，可在1个月内完成高质量的细菌完成图绘制，以及基因组甲基化分析。同时构建了毒力因子数据库、耐药基因数据库、次生代谢产物预测平台以及比较基因组学分析平台，可高效完成各类细菌的分析工作。

五、相关图片

六、典型案例

新生儿B型链球菌感染临床菌株比较基因组研究，首次报道了CC17菌株在新生儿GBS感染中的扩增与产妇预防性抗生素治疗在时间线上有相关性，发现了CC17菌株基因组特有的非同义突变位点697个，分布于443个基因中，其中包括多个青霉素结合蛋白（PBP）基因，获得耐药特点，为临床新生儿GBS感染的预防和治疗提供理论依据。

七、联系人、联系电话、邮箱

金老师，13817707367，jinl@chgc.sh.cn