一、技术名称

细菌转录组测序

二、应用领域

1. 基因功能与调控研究：解析细菌在不同环境或生理状态下的基因表达变化，例如抗生素抗性机制、代谢途径调控及细胞周期动态。

2. 病原体与宿主互作：通过监测感染过程中病原体与宿主的基因表达差异，阐明感染机制及宿主防御反应。

3. 微生物组功能解析：揭示细菌群体异质性，例如奶牛瘤胃微生物组的功能多样性。

4. 新型非编码RNA发现：鉴定调控性RNA（如sRNA）及其在细菌适应性中的作用。

三、技术简介

细菌转录组测序（如RNA-seq）基于高通量测序技术，通过分析细菌的转录本（mRNA及其他非编码RNA），揭示基因表达模式、调控网络及功能动态。其核心原理是将RNA反转录为cDNA后进行测序，通过比对参考基因组或从头组装，量化基因表达水平并识别可变剪切、SNP等变异。

四、技术优势

自2011年起就在国内率先开展细菌RNAseq工作，陆续建立了高效的rRNA去除方法（数据中rRNA含量<1%）和定向测序技术；在分析基因表达差异的同时，可有效得鉴定细菌的转录起始点、operon等，同时开发了一套细菌non-coding RNA的分析流程，极大提高了细菌RNAseq的效率。

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六、典型案例

完成了以结核分枝杆菌为代表的致病菌和以保加利亚乳酸杆菌为代表的工业菌株的RNAseq等项目，积累了丰富的经验。

七、联系人、联系电话、邮箱

金老师，13817707367，jinl@chgc.sh.cn