应用领域：

1.病原鉴定‌：可快速确定未知单链病毒的种类，如2019年通过全基因组测序确认新冠病毒（单链RNA病毒）为以前未知的β冠状病毒。

2.‌病毒溯源‌：帮助追溯病毒的起源和传播途径，例如研究发现新冠病毒与蝙蝠相关冠状病毒及穿山甲分离的病毒株存在序列相似性，为揭示病毒传播途径提供支撑。

3.‌病原学诊断‌：作为病例确诊方式之一，与已知病毒高度同源的基因测序结果可用于确诊，且能动态监测病毒变异，如新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案中就包含病毒基因测序确诊方式。

4.‌病毒变异监测‌：通过对病毒基因组序列的测定和分析，及时发现病毒是否发生变异，为疫情防控和疫苗研发提供依据。

技术简介：

高通量测序技术又称“下一代”测序技术或大规模平行测序技术，区别于传统Sanger测序，能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定。对于单链病毒，首先需将单链核酸（单链RNA或单链DNA）处理为双链形式（如单链RNA病毒需经反转录得到cDNA），然后进行文库制备，再上机测序，最后通过数据比对分析获得病毒的基因组序列信息。‌

技术优势：

1.‌高通量‌：一次测序反应能产出大量数据，可同时对多个样本或大量病毒核酸分子进行测序，提高检测效率。

2.‌不依赖已知核酸序列‌：无需针对已知序列设计探针或引物，可对未知单链病毒进行测序分析。

3.‌高灵敏度‌：能够检测到低丰度的病毒核酸，对于样本中病毒含量较少的情况也能准确测序。

4.‌准确性高‌：在病毒基因组序列测定和变异检测方面具有较高的准确性，优于RT-PCR等检测方法。

5.‌可动态监测病毒变异‌：通过对不同时期、不同地区的病毒样本进行测序，能够动态追踪病毒的变异情况，为疫情防控策略的制定提供及时依据。

典型案例与应用场景：

完成了中国科学院上海免疫与感染研究所肺泡灌洗液中单链DNA病毒高通量测序。

联系人：金磊，13817707367，jinl@chgc.sh.cn