一、技术名称

简化代表性亚硫酸氢盐测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS）（简化的基因组DNA甲基化检测）

二、应用领域

1. 疾病机制研究：癌症、心血管疾病中异常甲基化模式的探索，如肿瘤抑制基因启动子的高甲基化与基因沉默的关联 。

2. 发育与分化：胚胎发育、细胞分化过程中甲基化动态调控的时空特异性研究。

3. 环境表观遗传学：环境毒素、营养状态等对基因表达的表观遗传调控机制解析。

4. 进化与种群遗传学：跨物种甲基化模式比较，揭示进化过程中表观遗传的适应性作用。

5. 农业与植物科学：作物抗逆性、果实成熟等生物学过程的甲基化调控网络研究。

三、技术简介

RRBS是一种靶向富集甲基化区域的高效测序技术，结合限制性内切酶消化与亚硫酸盐转化，聚焦基因组关键调控区域。其核心流程包括：（1）酶切富集：使用MspI（识别CCGG位点）酶切基因组DNA，特异性富集CpG岛、启动子及增强子等区域（占基因组约12%）。（2）亚硫酸盐处理：未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），甲基化C保持不变。（3）文库构建与测序：通过二代测序（NGS）检测转化后序列，实现单碱基分辨率甲基化分析。 该技术单样本数据量约8G（人/小鼠/大鼠），覆盖全基因组85-95%的CpG岛及邻近区域（如Shore区），检测成本仅为全基因组测序（WGBS）的1/3，适用于中通量样本的甲基化差异研究。

四、技术优势

1. 高性价比：成本显著低于WGBS，约为后者三分之一。

2. 精准靶向：覆盖80%以上CpG岛、启动子及增强子区域，聚焦功能关键区域。

3. 单碱基分辨率：精确检测每个C位点的甲基化状态，灵敏度达5%差异。

4. 高重复性：多样本间覆盖区域重复性＞85%，确保横向可比性（如病例-对照研究）。

5. 快速周期：50个样本可在8周内完成实验与分析，支持中等规模研究。

五、相关图片

六、典型案例

1. Zhenzhen Xie, Songlin Sun, Honglei Ji, Maohua Miao, Wanhong He, Xiuxia Song, Wencheng Cao, Qihan Wu*, Hong Liang *, Wei Yuan. Prenatal Exposure to Per- and Polyfluoroalkyl Substances and DNA Methylation in the Placenta_A Prospective Cohort Study. J Hazard Mater. 2024, Feb 5:463:132845. （IF=13.6，中科院分区1区）

2. Yafei Chen, Baoqin Huang, Hong Liang, Honglei Ji,Ziliang Wang, Xiuxia Song, Haijun Zhu, Shujuan Song, Wei Yuan, Qihan Wu*, Maohua Miao*. Gestational organophosphate esters (OPEs) exposure in association with placental DNA methylation levels of peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) signaling pathway-related genes. Science of the Total Environment. 2024, 15:947:174569.

3. Jiaxian Chen#,Haijun Zhu#,Yafei Chen, Shuqin Pan, Hong Liang, Xiuxia Song, Qihan Wu, Wei Yuan, Maohua Miao, Ziliang Wang*. The Role of Placental DNA Methylation at Reproduction-Related Genes in Associations between Prenatal Bisphenol Analogues Exposure and the Digit Ratio in Children at Age 4: A Birth Cohort Study. Environ Sci Technol. 2024. 2;58(26):11320-11330.

七、联系人、联系电话、邮箱

吴老师，15618977533，henrywuqh@hotmail.com