姓名：谢 鹭
电话：
邮箱：
生物信息学研究组（原为上海生物信息技术研究中心应用医学课题组）创办于 2005年9月。致力于医学中的生物信息学研究和应用。研究方向包括：生物医学多组学数据整合分析：多组学数据产生推动了生物信息学领域的发展，应用生物信息学技术，整合分析多组学数据，开展生物医学研究，致力于肿瘤等疾病生物学机制探究。肿瘤疫苗筛选设计及免疫治疗：应用生物信息学技术，开发和构建肿瘤抗原预测工具、分析流程、数据库，筛选和设计肿瘤疫苗，推进肿瘤免疫治疗的个性化、精准化治疗进程。人工智能辅助决策系统：以机器学习、人工智能算法为支持技术，结合生物组学数据、临床检测数据、病理特征数据等，构建人工智能辅助决策系统，为疾病的精准诊断和个性化治疗提供参考。
研究组人员组成结构
研究组长：谢鹭
高级研究人员：1名
中级研究人员：1名
初级研究人员：2名
在站博士、硕士研究生及联合培养生15名左右
蛋白质功能特征研究体系：建立的蛋白质功能研究的生物信息学算法和软件体系被世界上众多科学家使用，发表了数十篇原创系列论文，包括Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Molecullar Cellular Proteomics等，应用合作发表于顶级期刊Science(2010)，获得上海市自然科学一等奖（2014）。作为生物信息学支持团队，对肝癌早期亚型发现新的治疗靶标做出突出贡献，合作发表了由贺福初院士引领的中国蛋白质组学界里程碑式的Nature正刊(2019)论文。后将蛋白质基因组学应用于肿瘤新抗原预测及免疫治疗研究，自主研发了一系列数据库、软件工具、算法等，在Molecular Therapy, Frontiers in Immunology, Genome Medicine等发表数十篇肿瘤免疫相关论文。蛋白质功能体系拥有知识产权的代表性软件包括：SysPTM1.0，2.0；dbDEPC1.0,2.0,3.0; PhoSigNet; dbPHCC; dbPepNeo1.0,2.0等。
全面建立了精准医学组学数据分析及整合研究方法，包括全基因组、全外显子组、转录组、代谢组、宏基因组等，应用于多篇影响因子十分以上国际高水平论文，包括Molecular Systems Biology, Leukemia, Cancer Research, Cell Research, Metabolite, Nature Communications, Advanced Science, British Journal of Dermatology等。目前关注于单细胞组学、TCR免疫组库、空间组学等新型组学数据分析技术应用及研发。
研发多组学数据分析和整合软件并实现转化应用。曾开发OmicsBean-Cancer 肿瘤多组学生物信息学自动化分析工具，用户辐射至全国。建立了肿瘤预后分析研究系列及模型构建，并应用于临床。基于复旦大学中山医院等多中心几万例肝癌患者筛选后的术后信息，研发了国内多中心肝癌术后预测和治疗辅助决策系统ShanghaiScore，获得软件著作权，APP布署于病人随访系统及医生电脑或手机系统，可应用于肝癌术后病人预后及辅助治疗推荐。代表性软件还包括ToPP: Tumor online Prognostic analysis Platform for prognostic feature selection and clinical patient subgroup selection，以及胃癌、肠癌病人临床预后建模软件系列。
曾承担国家精准医学重点研究计划，科技部973重点基础研究、863探索先导、传染病重大专项、中国人类蛋白质组学国际合作、国家自然科学基金等多项国家级课题，以及上海市科技创新重点基础研究、卫健委精准医学协同创新群体等市级重点项目。国内外发表学术论文超过160篇，总引用超过6300次。团队获得软件著作权近30项。论文发表请见：https://www.researchgate.net/profile/Lu-Xie-9.
