姓名:金 磊
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组学技术研究组主要从事人类疾病、病原生物、动植物和微生物等基因组和转录组测序研究工作,该组主要围绕组学技术发展中的关键方向与问题,开发完善基因组学、转录组学、代谢组学、宏基因组学、表型组学等多组学测序及分析技术体系。
组学技术研究组所负责的上海市基因测序及分析专业技术服务平台,拥有各类测序仪,包括第三代测序系统PacBio Sequel、RSII,Oxford NanoPore,第二代测序系统Hiseq2500、NextSeq500、Miseq, 以及第一代测序仪ABI3730等,并配有曙光等多种服务器,可满足高通量测序的分析需求。在近20年的发展过程中,先后为国内1000多家科研院所和企业提供包括基因组、转录组、宏基因组、微生态以及靶向测序等领域的服务,成为上海市生物学领域研发共享专业技术服务重要基地。
近年来,积极参与国产测序平台全流程的研究开发工作,建立了完全自主可控的全基因组和全长转录本测序国产化替代方案,为推动国产测序技术的自主创新与发展作出了重要贡献。
研究组人员组成结构
PI:金磊、张亮
高级研究人员:1名
中级研究人员:5名
初级研究人员:0名
先后承担和参与了国家多项重大基因组研究项目,包括人类基因组计划、黑猩猩22号染色体测序、水稻4号染色体测序、日本血吸虫基因组测序等。所获得的重要科研成果和发现,已发表在包括《Nature》 (钩端螺旋体基因组、日本血吸虫基因组), 《Nature Genetics》 (日本血吸虫转录组、包虫基因组、肝癌、Graves病)、《Nature Medicine》 (白血病)及《Science》 (SARS病毒测序)等顶级学术杂志上;尤其在微生物基因组研究领域,已有一百余篇论文发表在专业学术期刊上,如Cell Res, Molecular Microbiology,BMC Genomics, J Bacteriol等。
完成日本血吸虫、细粒棘球绦虫等真核病原体基因组生物信息研究,发现了一批与致病相关的代谢通路;完成中华鲎、异色瓢虫等模式生物基因组研究,发现了一些与免疫相关的重要基因;开展临床病原微生物比较基因组研究,对来自不同地区、症状不同患者的B型链球菌菌株基因组差异位点进行深入分析,发现了多个临床优势菌群特有的基因突变。上述成果分别发表在Nature、Nature Genetics、Clinical Infectious Diseases、BMC Genomics等知名杂志。